Theo kết quả phân tích bước đầu, nguyên nhân gây nên hiện tượng nước đập Ngàn Trươi - Cẩm Trang chuyển màu nâu đỏ là do hàm lượng sắt khá cao từ đập chính Ngàn Trươi và Khe Trươi chảy xuống.
GS.TS Vũ Trọng Hồng - nguyên Thứ trưởng Bộ NN&PTNT, Chủ tịch Hội thủy lợi Việt Nam khẳng định, nguyên nhân nước đập Ngàn Tươi chuyển màu đỏ, bốc mùi hôi thối chắc chắn có sự tác động của con người.