Cần Thơ là thành phố thuộc lưu vực sông Cửu Long có diện tích tự nhiên là 1.401,6 km2. Trong phạm vi tỉnh hiện nay có 14 công trình quan trắc tài nguyên nước dưới đất.
Phù sa ảnh hưởng rất lớn hệ sinh thái của vùng đồng bằng sông Cửu Long. Ngày nay, lượng phù sa tại đây đang bị chi phối bởi các đập thuỷ điện thượng nguồn.
Cục Quản lý tài nguyên nước Chức năng nhiệm vụ và cơ cấu tổ chức của Cục Quản lý tài nguyên nước được ban hành kèm theo Quyết định số 1686QĐ-BTNMT ngày 5 tháng 9 năm 2013 của Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường.
Xu thế xâm nhập mặn ở các sông Vàm Cỏ, sông Cửu Long dao động ở mức cao đến ngày 2/4, sau có xu thế giảm dần và tăng lại vào ngày 9-10/4; riêng sông Cái Lớn xâm nhập mặn duy trì ở mức cao đến 6/4.
Hai Tiểu ban này cũng chính là tổ chức quản lý lưu vực sông theo quy định trong Luật Tài nguyên nước cho các lưu vực sông Cửu Long và lưu vực sông Sê San - Srêpốk.
Theo Trung tâm dự báo Khí tượng - Thủy văn Trung ương, từ ngày 18/10 mực nước tại hạ lưu sông Cửu Long và sông Sài Gòn sẽ lên lại do ảnh hưởng của triều cường.
Ngày 1/10, theo báo cáo của Văn phòng thường trực Ban Chỉ đạo Trung ương về phòng chống thiên tai, hiện mực nước sông Cửu Long đang tạm xuống. Tuy nhiên, từ ngày 4/10 mực nước sẽ tăng trở lại.
Sự cố vỡ đập thủy điện ở Lào sẽ ảnh hưởng đến dòng chảy đầu nguồn sông Cửu Long. Trong những ngày tới, mực nước đầu nguồn sông Cửu Long sẽ lên nhanh do lũ thượng nguồn về kết hợp với triều cường.
Giá cát tăng đột biến và cùng với động thái đó thì việc khai thác cát ở sông Cửu Long đang có biểu hiện gia tăng với những diễn biến liên quan rất đáng lo ngại.