Tổng Cục Môi trường còn 18 đơn vị trực thuộc
Theo Quyết định số 15/2018 của Thủ tướng Chính phủ có hiệu lực thi hành từ ngày 10/5/2018, Tổng cục Môi trường sẽ có 18 đơn vị:
1- Vụ Thẩm định đánh giá tác động môi trường; 2- Vụ Quản lý chất thải; 3- Vụ Quản lý chất lượng môi trường; 4- Vụ Chính sách, Pháp chế và Thanh tra; 5- Vụ Khoa học, Công nghệ và Hợp tác quốc tế; 6- Vụ Kế hoạch - Tài chính; 7- Vụ Tổ chức cán bộ; 8- Văn phòng Tổng cục; 9- Cục Bảo tồn thiên nhiên và Đa dạng sinh học; 10- Cục Bảo vệ môi trường miền Bắc; 11- Cục Bảo vệ môi trường miền Trung và Tây Nguyên; 12- Cục Bảo vệ môi trường miền Nam; 13- Trung tâm Tư vấn và Công nghệ môi trường; 14- Trung tâm Thông tin và Dữ liệu môi trường; 15- Trung tâm Quan trắc môi trường miền Bắc; 16- Trung tâm Quan trắc môi trường miền Trung và Tây Nguyên; 17- Trung tâm Quan trắc môi trường miền Nam; 18- Viện Khoa học môi trường.
Tổng cục Môi trường có Tổng Cục trưởng và không quá 4 Phó Tổng Cục trưởng do Bộ trưởng Bộ Tài nguyên và Môi trường quyết định bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức theo quy định của pháp luật.