Một trong những vướng mắc mà các địa phương nêu ra là vấn đề quản lý học phí (lập dự toán thu, chi học phí; thu học phí; xuất hóa đơn, báo cáo thuế; chi và báo cáo công khai tài chính…) trong việc cơ sở giáo dục nghề nghiệp liên kết với các Trung tâm GDTX