Năm 2008, Chính phủ phê duyệt Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - Đáy liên quan đến 5 tỉnh, thành phố. Từ đó, Ủy ban Bảo vệ môi trường sông Nhuệ - Đáy được thành lập để vận hành đề án
Sau 12 năm thực hiện Đề án tổng thể bảo vệ môi trường lưu vực sông Nhuệ - Đáy, chất lượng nước hai con sông có xu hướng giảm gia tăng ô nhiễm, tuy nhiên vẫn chưa được cải thiện nhiều.