Huyện Lục Yên còn khuyến khích các hộ dân xây dựng hệ thống xử lý chất thải nhằm giảm thiểu chất thải, bảo đảm vệ sinh môi trường. Đặc biệt, hằng năm, huyện tổ chức tiêm vắc - xin định kỳ và sát khử trùng với các mầm bệnh bên ngoài cho vật nuôi.
Những năm qua, ngành chăn nuôi phát triển khá ổn định, song chăn nuôi nhỏ lẻ vẫn chiếm tỷ lệ cao, chất thải từ chuồng trại của nhiều nông hộ, gia trại, trang trại gây ô nhiễm môi trường.
Đến nay, các trang trại chăn nuôi trên địa bàn tỉnh đều đã áp dụng các biện pháp đảm bảo an toàn chăn nuôi, hạn chế tối đa phát thải ô nhiễm môi trường.