Ngoài vi phạm về trật tự xây dựng, việc xây dựng các công trình không phép tại KDL đảo Hòn Tằm khiến đất, đá trong quá trình san lấp đã tràn xuống biển ảnh hưởng nghiêm trọng đến hệ sinh thái.
Chủ đầu tư dự án là Công ty CP Hòn Tằm biển Nha Trang đã tự ý san ủi mặt bằng và xây dựng các hạng mục công trình bê tông cốt thép (BTCT) tại dự án KDL đảo Hòn Tằm không có giấy phép xây dựng.