Trên sông Chảy (người dân địa phương còn gọi là sông Xanh) đoạn chảy qua các xã Cao Sơn (huyện Mường Khương) và Thào Chư Phìn, Sín Chéng (huyện Si Ma Cai) đọng nhiều loại rác.
Vừa qua, UBND tỉnh Phú Thọ có văn bản cho phép các doanh nghiệp khai thác cát sỏi trên sông Lô, sông Chảy (đã có giấy phép) tiếp tục được phép khai thác trở lại.