Nước thải phát sinh trong chăn nuôi của trang trại được thu gom về 2 hầm biogas, sau đó xả ra ao chứa nước của trang trại rồi xả thải ra mương tưới tiêu của địa phương.
Sau khi Môi trường và Đô thị Việt Nam phản ánh về việc 2 trang trại lợn tại thôn Yên Bái, xã Tế Lợi, huyện Nông Cống(Thanh Hóa) UBND huyện đã chỉ đạo, UBND xã lập biên bản, ra quyết định xử phạt việc ô nhiễm môi trường.